明代的第一个皇帝朱元璋（年号洪武），定都南京，在位31年，死后埋葬在南京，称作孝陵。第二个皇帝是朱元璋的孙子朱允炆（年号建文），在位四年。朱允炆即位后，他的四叔，当时守卫北平的燕王朱棣，为了争夺皇位，发兵南下，打了几年内战，终于攻入南京当了皇帝。朱棣攻入后，当时皇宫起火，建文帝不知去向。有的说他投火自焚，有的说他出家当了和尚，下落不明，至今仍是明史上的一桩悬案。
明成祖朱棣在在南京登基后，改年号为永乐。由于他镇守北平多年，深知北平在军事上的重要地位，便于永乐四年（公元1406年）征调工匠、民夫上百万人，开始修建北京。永乐五年，皇后徐氏死，朱棣没有在南京建陵，却派人去北京寻找“吉壤”。直至永乐七年（公元1409年）才选好现在这片陵区，并由朱棣亲自察看决定。这里山间地面广大，群山若封似闭，中间水土深厚，确是块好地方。再加上术士们的夸张、神化，朱棣更加高兴，立即降旨圈地80里为陵区禁地，开始动工修建长陵。选在这里建陵，不单由于风景美好，更主要的是这里山势如屏，易守难攻，一旦驻军把守，既可守卫陵寝，又便于保卫京师。从这年朱棣在昌平县北天寿山下建造长陵起，到明代末帝思宗朱由检（年号崇祯）止，除明景泰帝葬于北京西郊金山外，十三个皇帝都埋葬在这里，形成了明代皇帝的陵墓区，因而通称十三陵。
封建时代的葬制，一般子孙的陵墓，应当一个比一个小，但十三陵却不尽然，后来居上者也不少。朱元璋是个创业的皇帝，死后葬在南京孝陵；朱棣一生五次北征，是巩固政权的定业皇帝，死后葬在北京长陵；这两座陵，一是祖陵，一是北京首陵，因此建筑规模都很大。但以后并未依此而代代缩小。十三陵中，一般凡是皇帝生前修的陵，亲自督理，不惜工力费用，所以高大、宽阔，陵殿建筑讲究，装饰富丽堂皇。死后筑陵的全是由子孙办理埋葬，一般都是草草从事，陵墓的规模也就小得多了。
朱棣长子仁宗在位仅一年，长孙宣宗在位十年，史称“仁宣之治”，实际上他们都是坐享其成的皇帝。但由于他二人跟随朱棣多年，对于建国之难以及社会情况多少有些了解，所以在称帝后在某些方面还注意节省人力、财力，曾经罢采办，减织造、瓷器等等。他们二人的陵墓，也是比较小的。仁宗曾遗诏说，我在位日浅，对百姓没什么恩德，不忍过多地劳役人民，我的陵要从俭修造。宣宗遵遗诏，亲定献陵规则，三月后就将他老子埋葬了。宣宗本人虽然在生前修了景陵，但因献陵是他制定的规模，自己当然不敢过于超过父陵。《昌平山水记》上有这样一段说：“献陵最朴，景陵次之。”现在还可以从二陵的明楼、宝城（圆形围墙）及殿基遗址上，看出二陵确比其他陵墓简陋些。
自宣宗以后，各帝都是在深宫中养大的，称帝后除偶尔出去游荡外，从不愿迈出宫门一步，因此，他们不知创业、建业的艰难，生活多荒淫腐化，懒于过问国事民情。又因为他们是在宦官侍候下长大的，听惯了宦官的阿谀、奉承，而对大臣们的逆耳忠言却听不进去，往往恣意妄为，任意挥霍。按明初葬制规定每陵葬一帝一后，可是，英宗的裕陵却葬了一帝二后，而宪宗的茂陵又增加到一帝三后。这也从一个侧面反映了明朝中期政治的腐败和皇帝的荒淫无道。
武宗以后的各陵，是世宗的永陵，穆宗的昭陵，神宗的定陵，光宗的庆陵，熹宗的德陵，思宗的思陵。这个时期王朝政治更加腐败。宫廷中的奢侈浪费非常惊人。反映到陵墓的建造上就显得十分豪华，其中永、定二陵是典型代表。昭、德二陵是皇帝死后才修建的，规模就要小些；庆、思二陵是利用他人之墓埋葬的。